水生植物也是大多数浅层池塘和湖泊的重要组成部分。水生植物的生长需求与陆生植物相同，他们都需要阳光、水分、二氧化碳、氧气以及养分。有些水生植物可以在深度为30余英尺的清水中生存，挺水植物和浮游植物则仅限于沿岸带以及浅滩区。那些浅水和富营养化的池塘中对植物生长影响最大的就是阳光，这也是这些池塘中植物生长更加活跃和出现问题的原因。在池塘和湖泊水体中引入入侵植物将会使水体管理变得更具有挑战性，加剧水体管理的难度。入侵植物会很快霸占池塘和湖泊，在挤占其他植物的生存空间的同时也严重地影响了鱼类、鸟类以及其他生物体。不幸的是，入侵植物以及其他与池塘和湖泊以及湿地相关的生物体仍然不在少数，并且还在增长。

当然管理水生植物也有一些技巧可以借鉴。这些方法包括许多实践措施，机械收割、使用生物控制调节剂、以及除草剂措施。（如表2）

通过手工拔除、耙除等物理移除的方法来去除不想要的植物，如挺水植物以及水生植物是一个很有效的战略，这在浅水层池塘以及池塘沿岸十分有效。这项措施的成功基于目标植物。水生植物与其他多年生植物一样，要消灭它们必须将植株以及其根系一起成功的消除，而且这个消除过程可能要重复多次。在更大更深的池塘或者湖泊中对杂草进行物理移除需要更多的不同的方法和成本。

疏浚作业常常用于清理富营养沉积物并增加水体深度。疏浚作业是将挺水植物从浅层水域移除的有效方法之一。疏浚作业开可以帮助减少水生植物种群数量，提供其他益处，例如扩大水体容量。然而，疏浚作业成本较高，并且清理沉积物也是一项繁重的挑战。此外，池塘水位降低也是大部分北方地区常用的操纵水体水平的措施。水位下降包括了在冬季前降低池塘水层以在结冰气温条件下暴露浅根系植物，使其干枯。池塘水位下降技术可以有效对付某些特定的植物种类。不过池塘底部必须在6至8周内保持暴露。

使用专业机动化设备进行机械收割是一项可以应用在大面积水域中的作业技术。收割可以适应大型、复杂的收割设备来进行，这些设备即可在切割的同时将有问题的植物收集起来。机械收割作业是一项花费高昂的措施，并且处理收割的植物也极具挑战性。不过，机械收割作业可以在化学药物控制不能使用的条件下为控制水生植物提供应时的依靠。